FK Fyllingsdalen er en ung klubb, men overtar sterke tradisjoner fra to klubber som har preget bergensfotballen i mange år.
Fyllingen Fotball
Fyllingen Idrettslag (Fyllingen Fotball ble senere skilt ut som egen enhet under Fyllingen IL) ble stiftet i 1946 og var bydelens første idrettslag. Klubben opplevde sin glansperiode på 1990-tallet da man med et lag av lokale spillere kvalifiserte seg for spill i landets øverste divisjon. Eventyret innebar tre sesonger i 1.divisjon (som nå heter Eliteserien), flere sesonger i 2.divisjon (som nå heter Adeccoligaen), cupfinale (tap mot Rosenborg) og europacupspill mot Atletico Madrid. Fyllingen spilte på tredje nivå fra nedrykket i 1996 til 2009, da man rykket ned til 3.divisjon. Etter to år i toppstriden, men uten å rykke opp, ble klubben slått sammen med Løv-Ham Fotball fra og med 2012.
Løv-Ham Fotball
Løv-Ham Idrettslag (Løv-Ham Fotball ble senere skilt ut som egen enhet under Løv-Ham IL) ble stiftet i 1975. På 2000-tallet opplevde klubben en stor oppblomstring. Først gjennom A-laget som rykket opp til Adeccoligaen til 2005-sesongen. Deretter gjennom å markere seg på spillerutviklingsfronten i løpet av årene i Adeccoligaen. Klubbens beste sesong var i 2010 da man kvalifiserte seg for opprykkskvalifisering til Tippeligaen med et ungt og lokalt mannskap. Fredrikstad ble for sterke i kvaliken og sesongen etter opplevde klubben sportslig og økonomisk motgang, som kulminerte i nedrykk til 2.divisjon i 2011. Før 2012-sesongen slo klubben seg sammen med Fyllingen Fotball.
Sammenslutningen
FK Fyllingsdalen ble stiftet 20.09.2011. Den nye klubben fikk arbeidsnavnet Varden FK. 28.09.2011 vedtok årsmøtene i Løv-Ham Fotball, Løv-Ham IL, Fyllingen Fotball og Fyllingen IL at Løv-Ham Fotball og Fyllingen Fotball skulle overføres til den nye klubben fra og med 1/1-2012. Dette innebar at Løv-Ham Fotball og Fyllingen Fotball sine eiendeler, egenkapital og divisjonsrettigheter ble overført til den nye klubben.
Den vanskelige dåpen
Klubbens endelige navn var ikke tema på årsmøtene som vedtok sammenslutningen. Dette ble avgjort etter avstemming i etterkant av sammenslutningen. Etter at styret på tampen av 2011 avholdt en åpen, veiledende avstemming og valgte Varden FK som klubbens endelige navn, kom det reaksjoner fra klubbens vordende medlemmer. Styret valgte derfor å arrangere en ny avstemming kun for medlemmer i Løv-Ham Fotball og Fyllingen Fotball. Resultatet av denne var at FK Fyllingsdalen ble valgt som klubbens endelige navn.
Farger og logo
Avstemming ble også lagt til grunn ved valg av draktfarge og logo. Lilla ble valgt som klubbens hoveddraktfarge, med lyseblå som reservedraktfarge. Det første utkastet til logo ble presentert like etter at sammenslåingen var vedtatt, men denne ble etterhvert forandret før klubbens endelige logo ble presentert i februar 2012.